Ia bersama pasangannya Mundjidah Wahab berhasil memenangkan pilkada Jombang 2013 dengan perolehan suara sebanyak 401.576. Pasangan ini mengalahkan pasangan Widjono Soeparno dan Sumrambah (234.819 suara) dan pasangan Munir Alfanani-Wiwik Nuriati 38.039 suara.
Menjadi tersangka perkara suap
Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menetapkan Bupati Jombang Nyono Suharli Wihandoko sebagai tersangka dalam perkara suap terkait perizinan pengurusan jabatan di Pemkab Jombang.
Dikutip dari Kompas.com, Nyono diduga menerima suap dari Plt Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Jombang Inna Silestyanti.
"KPK meningkatkan status penyelidikan ke penyidikan dan memutuskan beberapa tersangka, yakni IS yg diduga sebagai pemberi suap dan NSW Bupati Jombang sebagai penerima suap," ujar Wakil Ketua KPK Laode M. Syarief saat memberikan keterangan pers di gedung KPK, Kuningan, Jakarta Selatan, Minggu (4/2/2018).
Laode menuturkan, suap tersebut diberikan oleh Inna agar Nyono, selaku bupati, memutuskan Inna sebagai Kepala Dinas Kesehatan definitif. Total suap yang diberikan kepada Nyono berjumlah Rp 434 juta.